Services Communs
Centre de calcul intensif
Presentation
Le calcul intensif ou Calcul Haute Performance (High Performance Computing HPC) est un domaine qui rassemble les outils matériels et logiciels nécessaires à l’exécution d’applications et de techniques complexes utilisées dans divers domaines académiques et industriels tels que les hydrocarbures, l’industrie pharmaceutique, l’imagerie médicale, la météorologie et les simulations physiques. Le développement des techniques de simulation et de calcul utilisées dans ces domaines a évolué en parallèle avec l’évolution de la puissance de calcul et des architectures parallèles. Ces évolutions ont permis d’atteindre des puissances de calcul jamais espérées auparavant et de résoudre ainsi des problèmes numériques de grande taille en des temps de plus en plus réduits. Actuellement la puissance de calcul atteinte par certaines infrastructures parallèles est de l’ordre des Pétaflops (1015 opérations flottantes par seconde). La puissance de calcul se réfère à la quantité de calcul (nombre d’opérations élémentaires) utilisée par unité de temps. Ainsi, une application est considérée intensive si son exécution nécessite la mobilisation d’un grand nombre de ressources de calcul pour qu’elle puisse s’exécuter en un temps raisonnable par rapport à l’échelle de temps humaine. Par exemple, dans le domaine de la météorologie, il serait trop tard de prévoir le climat de la semaine prochaine en une année de calcul.
L’unité de calcul intensif EMIR dispose de 35 nœud s dont:
Un nœud d’administration:
Bullx R425-E3 : CPU 2 x E5-2670v2 10 cores 2.5 Ghz – RAM 64GB@1600MHz – HDD 8 x 3000GB – Carte Graphique nVidia K5000 – Carte Infiniband QDR avec câble IB et carte réseau ethernet avec câbles
Un nœud de stockage NFS:
Bullx R423-E3 : CPU 2 x E5-2620v2 2.1Ghz – RAM 64GB@1600MHz – HDD 2 x 500GB – Carte Infiniband QDR avec câble IB, carte HBA FC 8Gbps DualPorts avec 2 câbles FC, carte réseau ethernet avec câbles
Un nœud de visualisation (Post-traitement):
Bullx R425-E3 : CPU 2 x E5-2670v2 10 cores 2.5 Ghz – RAM 64GB@1600MHz – HDD 8 x 3000GB – Carte Graphique nVidia K5000 – Carte Infiniband QDR avec câble IB et carte réseau ethernet avec câbles
32 nœud s de calcul:
Bullx R424-E3 : CPU 2 x E5-2670v2 10 cores 2.5 Ghz – RAM 64GB@1600MHz – HDD 500GB – Carte Infiniband QDR et carte réseau ethernet avec câble IB et ethernet
Réseau d’interconnexion:
On distingue deux réseaux:
Un réseau de calcul:
Les noeuds sont reliés par un réseau InfiniBand de 40 Gb/s
Un réseau d’administration:
Réseau ethernet Performance maximale
capacité thèorique:
32*2*10*2.5*8 = 12,8 TFLOPS
Tests de fonctionnement et de benchmarking:
9,1 TFLOPS
– Wien2k
– Abinit
– Quantum espresso
http://www.quantum-espresso.org/
– Java
– ASE (Atomic Simulation Environment)
– Phyto
L’Unité de Calcul Intensif EMIR est destinée aux chercheurs, enseignants et étudiants, ayant des besoins de calcul intensif de haute performance. Le cluster est disponible de manière permanente, modulo les périodes de maintenance matérielle et système. Dans un premier temps, ce service est accessible à tous les chercheurs de l’UMS (Université de Mustapha Stambouli).
Règles d’utilisation et de sécurité:
Chaque utilisateur s’engage à communiquer au centre de calcul (hpc.emir@univ-mascara.dz) tout changement ou complément d’informations le concernant (mail, laboratoire, numéro de téléphone, …)
Chaque utilisateur s’engage à protéger son compte sur le cluster de calcul, il est fortement recommandé de changer le mot de passe attribué lors de la création du compte dès la première utilisation. L’utilisateur est responsable des dommages qui pourraient résulter d’une mauvaise utilisation de son compte.
L’information aux utilisateurs sur l’administration du cluster (changements de politique, mise en place de nouveaux services, interruptions de service… se fait au moyen de mails d’avertissements (à l’adresse mail communiquée par l’utilisateur lors de sa demande de création de compte). Les utilisateurs s’engagent à se conformer aux différentes directives.
Il est strictement interdit d’utiliser des logiciels « piratés ». Toute utilisation de logiciels commerciaux doit se faire avec l’accord de l’administrateur, après vérification de la validité de la licence.
Les utilisateurs ayant de gros travaux (jobs) nécessitant plusieurs heures de calcul ne sont autorisés à faire qu’une seule soumission de job par jour de travail.
Le nœud de management ne doit en aucun cas être utilisé pour effectuer des calculs. Il est destiné uniquement à compiler les programmes et à lancer les jobs à l’aide de SLURM.
La soumission des jobs doit obligatoirement se faire avec SLURM, le gestionnaire de jobs utilisé. Tout job lancé sans SLURM sera arrêté et l’utilisateur sera soumis aux sanctions prévues dans la présente charte.
Il est recommandé de planifier les expérimentations gourmandes en temps de calcul pendant la nuit et les week-ends.
Sanctions applicables:
Si un utilisateur ne respecte pas les règles d’utilisation et de sécurité alors :
L’administrateur envoie un premier mail d’avertissement dans lequel l’utilisateur concerné est informé du type de l’infraction commise et des futures sanctions qu’il encourt.
En cas de récidive, le compte de l’utilisateur est désactivé pendant 2 semaines.Si une troisième infraction est commise, le compte de l’utilisateur est définitivement désactivé.
contact
Centre de calcul intensif
hpc.emir@univ-mascara.dz
